人類と怪獣との戦いは遠い昔。

かつての怪獣の魂を宿した少女”怪獣娘”たちが現れるようになった時代。

晴れてGIRLSの一員となったアギラ、ミクラス、ウインダムは着実に成長し、充実した日々を送っていた。

そんなある日、新種の「シャドウ」がトラブルを起こしているという情報が入る。

一方、GIRLSのメンバーの「ガッツ星人」は、不思議な体調の変化を感じていた……